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Arnaud Fontanet est Professeur à l'Institut Pasteur et au Conservatoire National des Arts et Métiers. Ancien interne des hôpitaux de Paris, docteur en médecine (Université Paris V) et en santé publique (Université de Harvard), il est spécialisé en épidémiologie des maladies infectieuses et tropicales. Depuis janvier 2002, il dirige l'Unité d'Épidémiologie des Maladies Émergentes à l'Institut Pasteur de Paris.
Ses principaux thèmes de recherche sont les hépatites virales et les virus émergents.
Arnaud Fontanet est également Directeur de l'École Pasteur-Cnam de Santé Publique, et Directeur du Département de Santé Globale de l'Institut Pasteur.
En 2018-9, il a été le premier titulaire de la Chaire de Santé Publique nouvellement créée au Collège de France.