Directrice de l'Agence de la Biomédecine, diplômée de l'Institut d'études politiques de Paris en 1979, licenciée en droit public en 1980 et ancienne élève de l'École nationale d'administration (1983 promotion Solidarité), Emmanuelle Prada- Bordenave est rapporteur puis commissaire du gouvernement au tribunal administratif de Paris, où elle a commencé sa carrière (1984-1997).

De 1990 à 1992 dans le cadre d'une mobilité, elle occupe la fonction de Chef du service juridique du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). Avant sa nomination à l'Agence de la biomédecine, elle exerçait les fonctions de Maître des requêtes au Conseil d'État. Parallèlement à cette carrière, elle a exercé notamment les fonctions de Rapporteur général de la Commission de déontologie de la fonction publique de l'État (2001-2004), Chef de la Mission juridique du Conseil d'État auprès des ministères sociaux (2004-2007) et, depuis 2007, Rapporteur adjoint auprès du Conseil constitutionnel et Commissaire du Gouvernement auprès du Tribunal des Conflits. En 2008, elle a, par ailleurs, participé aux travaux de la mission d'audit Révision Générale des Politiques Publiques (RGPP) dans le domaine de la justice.

Emmanuelle Prada Bordenave a pris la direction de l'Agence de la biomédecine, établissement public national de l'État dépendant du ministère de la Santé et créé par la loi de bioéthique d'août 2004.

L'Agence de la biomédecine exerce ses missions dans quatre grands domaines de la biologie et de la médecine humaines : l'assistance médicale à la procréation, le diagnostic prénatal et génétique, la recherche sur l'embryon et les cellules souches embryonnaires ainsi que le prélèvement et la greffe d'organes, de tissus et de cellules.